波紋補償器和金屬軟管都是用于管道連接的補償器件，但它們之間有以下幾個區別：

結構不同：波紋補償器是由波紋管、法蘭和法蘭密封墊組成的，而金屬軟管則是由金屬管殼、螺旋金屬絲和端部連接件組成的，中間通道內襯有橡膠或塑料管。

功能不同：波紋補償器可以承受多個方向的位移和變形，能夠有效地緩解管道的應力和振動，以保護管道系統的安全和穩定；金屬軟管則主要用于解決由于管道伸縮引起的位移和變形問題，并能夠吸收管道系統中的振動和噪音。

適用范圍不同：波紋補償器適用于高溫、高壓、腐蝕等惡劣的工作環境，適用于各種管道系統；金屬軟管則適用于一般的工作環境，適用于一些中低壓的管道系統。

安裝方式不同：波紋補償器通常需要在管道系統中的特定位置進行安裝，需要進行法蘭連接或者焊接；金屬軟管則可以根據需要進行垂直或水平安裝，可以進行螺栓或法蘭連接。

總之，波紋補償器和金屬軟管都是管道連接中常用的補償器件，但對于不同的管道系統和工作環境，需要選擇合適的補償器件進行連接和補償。